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AFM的應用領域主要包括三個方面：生物細胞的表面形態觀測；生物大分子的結構及其他性質的觀測研究；生物分子之間力譜曲線的觀測。高分辨納米級形貌成像及力學特性測試；在納米尺度下對金屬、半導體、陶瓷、有機物、高分子、生物體等。